Как сообщают разработчики Joomla 3, с момента обновления Joomla до версии 3.3 и выше, в корневой папке сайтов появился файл robotx.txt.dist. Его содержание позволяет роботам гугла ползать по медиа файлам и файлам шаблонов вашего сайта для улучшения индексации в этой поисковой системе. 

Компонент автоматического обновления Joomla 3 сам не меняет содержимое файла robots.txt в корне вашего сайта, поэтому если вы хотите привести его содержание в соответствие с рекомендациями разработчиков Joomla - то сделать это придется ручками. Либо удалить ваш старый файл и удалить лишнее расширение dist у нового, если конечно вы никогда не вносили каких-либо изменений в свой стандартный файл robotx.txt, либо после привести новый файл в соответствии с вашими специфическими правилами для разных поисковых ботов. 

Полезные материалы по теме: